国际联盟在第二次世界大战期间并未停止其活动，尽管冲突对其工作产生了重大影响。秘书处留在日内瓦，而一些工作人员在伦敦、华盛顿特区和美国普林斯顿大学校园内设立的办事处工作。
当联合国宪章于 1945 年 10 月 24 日生效时，国际联盟仍然活跃。几个月来，这两个组织共存。 1946 年 4 月，46 个成员国中的 35 个在日内瓦开会，正式批准解散国联。
“失败的不是联盟。被发现缺乏原则的不是它。忽视它的国家。放弃它的政府。”
法国代表 Joseph Paul-Boncour在 1946 年 4 月的最后一届大会上
这种情绪在当时得到了很多观察家的认同。几个月后（1946 年 9 月），温斯顿·丘吉尔宣布：“[ T]联盟并没有因为其原则或构想而失败。它失败了，因为这些原则被那些使它成为现实的国家抛弃了，因为这些国家的政府害怕面对事实并在时间还剩的时候采取行动。”
在大会的最后一届会议上，多米尼加共和国代表安德烈斯·帕斯托里萨 (Andres Pastoriza) 强调了国际联盟的遗产：“今天，没有人否认国际联盟为人类提供了有益的服务，并在很大程度上为创造一种精神做出了贡献积极合作促进人权、国家间的文化交流、圆满解决国际司法争端、促进劳工利益、控制危险药物、交换有用的健康领域的信息以及与某些经济和金融问题有关的信息。”尽管国际联盟未能完成其使命，但所取得的经验对奠定二战后建立的国际体系的基础发挥了重要作用。
联合国的成立
联盟的遗产
联合国正式与国际联盟没有任何关系。然而，一些资产——如国际联盟在日内瓦的总部、万国宫——被转移给了联合国。在某些情况下，联盟管理的活动也由联合国或联合国系统的一部分机构接管。例如，联盟在难民保护、全球卫生、打击贩毒、智力合作和社会经济发展等领域的工作为联合国的活动铺平了道路。不足为奇的是，曾在国际联盟工作过的一些前国际联盟工作人员和外交官在联合国的形成时期发挥了重要作用。
尽管有相似之处，但国际联盟和联合国的运作方式却大不相同。主要区别包括国际联盟的一致通过规则与联合国的多数规则或联合国安理会在某些情况下做出具有约束力的决定的权限。然而，正如罗伯特·塞西尔所说，“要不是国际联盟的伟大实验，联合国永远不会存在”。尽管人们常常将其与单纯的失败联系在一起，但联盟的“伟大实验”代表了现代多边主义历史上的重要篇章，其遗产在今天仍然是有形的。